Epstein sinh năm 1953, tại quận Brooklyn của thành phố New York, có cha mẹ là người Do Thái [10][11] Pauline (nhũ danh Stolofsky, 1918 mật2004) [12] và Seymour G. Epstein (1916 ví1991).[13] Cha mẹ ông kết hôn vào năm 1952, ngay trước khi sinh.[13] Pauline làm trợ lý trường học và là một người nội trợ.[13][14] Seymour Epstein làm việc cho Sở Công viên và Giải trí Thành phố New York với tư cách là người chăm sóc và làm vườn.[10][13] Jeffrey Epstein là người lớn tuổi hơn của hai anh chị em. Epstein và anh trai Mark lớn lên trong khu phố lao động ở Sea Gate, Coney Island, Brooklyn.[14]